Właściwie sporządzona dokumentacja jest podstawowym dowodem efektywności działania systemu i podstawą oddalenia ewentualnych reklamacji.
Dokumentację możemy podzielić na następujące części:
Ogólny plan systemu
Instrukcje
Procedury
Zapisy ( rejestrację wszystkich pomiarów, zapisy działań sanitarnych, zapisy dotyczące zdrowia pracowników zatrudnionych przy produkcji)
